故事开始于终末之谷战斗的两年半后，随自来也游历修行的漩涡鸣人回到了故乡木叶村。

在故乡等着他的是已成为能独当一面的医疗忍者小樱和什么都没变的卡卡西。但正当大家沉浸在重逢的喜悦之中时，却传来神秘恐怖组织「晓」掳走了我爱罗的消息。

鸣人他们和拥有压倒性可怕力量的神秘恐怖组织「晓」之间，又会展开什么样的对决!?投靠了大蛇丸的佐助的命运又将如何!?漩涡鸣人将卷起新的旋风。